以AI部署精準醫學 行動基因優化檢測體系
行動基因在癌症臨床治療一展亮眼成績,橫跨學術、臨床及科技三大領域的完美接軌,累積了超過七千筆基因檢測資料,以建構具亞太經驗的癌症精準醫學資料庫。目前一大重點在於多渠道的導入AI人工智慧,提高資料處理產能以利業務擴張。
要達到理想的精準醫療,優異的癌症基因檢測設計,嚴謹的檢體品管流程,與精準醫學相關學術領域的深入洞察,缺一不可;行動基因更進一步在樣本與資料處理環節訓練AI辨識組織病理圖像、判讀基因突變。在生物資訊分析的主體,以行動基因「廣泛型癌症基因檢測」的資料比對範圍而言,其涵蓋四百多種癌症基因與醫藥文獻的龐雜資料結構,需經高度訓練的解讀人員才能準確分析,也預計將導入AI從大量醫藥文獻中精準辨識語意,以系統比對節省人工搜尋時間。
行動基因目前與雲象科技(aetherAI)合作,將AI圖像辨識的強項應用於檢體組織的病理判讀,透過雲象科技開發的AI平台,將針對不同癌別開發出不同模組,目前最先上線的是肺腺癌的病理判讀;此AI模組經由病理科醫師標註的影像訓練之後,可以在標準病理切片上面標示出癌變區域,目前已達到九成以上的判讀正確率,且正確率會隨著經驗累積持續提升;此開放的平台系統更能加速醫師審核檢體,並提高實驗人員作業流暢度。
雲象科技執行長葉肇元醫師表示,目前病理影像分析一大問題在於,人工判讀流程有許多主觀的成分,客觀定量標準難以建立。相對來說,以AI為基礎之病理影像辨識提供準確、可驗證的客觀定量標準。並且,AI判讀之正確性,可經過訓練資料集的增加持續提升。
透過和行動基因合作,雲象科技實現了利用AI改善病理檢測流程的目標,也更深入理解數位病理AI在分子檢測與生技製藥業應用的潛力。除了持續協助行動基因提升多種癌症的病理及基因檢測流程效率之外,未來更期望能結合病理影像及基因資訊,共同研發多模態資料疾病預測之模型。
行動基因技術長陳淑貞博士表示,透過AI,行動基因將基因檢測流程標準化並自動化,不僅能大幅提升產能,更讓公司在擴展至跨地區分公司時,能夠快速且可靠地複製檢測操作體系。
行動基因入選美國抗癌團隊
行動基因連戰皆捷,該公司宣布,旗下所開發「預測免疫療效的演算機制」獲美國癌症研究機構青睞,打敗多家國際大廠,獲選進入擬定國際最新免疫治療評估標準-腫瘤突變負荷(Tumor Mutation Burden, TMB)之研究計畫,為美國境外唯一入選的亞洲基因檢測公司。
行動基因旗下日本子公司ACT MED,甫在今年中,獲得日本光學大廠Canon旗下Canon Medical System以1,000萬美元(約新台幣3億元),收購約66.6%股權,寫下日廠買台灣生醫技術的指標案例,近日又獲美方專業機構認可,顯示台灣生醫技術能量持續放光。
行動基因指出,抗癌免疫療法是當前顯學,其中,唐獎暨諾貝爾獎得主/京都大學本庶佑(Tasuku Honjo)教授所主導的PD-1(PD-L1)抗癌免疫檢查點研究,迄今,在多個國際大藥廠投入下,陸續開發出肺癌、黑色素細胞癌等領域藥物,由於在部分病人身上治療效果佳,也讓銷售額度逐年攀升。
行動基因表示,腫瘤的PD-L1表現量為目前最常使用的評估指標,雖與該領域抗癌治療密切相關,但檢測結果的代表性仍不足;即使篩選出高表現PD-L1蛋白的患者,投以目前PD-1領域的藥物,在臨床治療的反應率低落約只有20%,因此各大藥廠與生技公司亟欲透過有效的生物標記,選出對免疫治療反應率高的癌症病患。
新一代的指標「腫瘤突變負荷」,是一種基因型的生物標記,利用次世代定序技術(NGS)高通量特性一次檢測大量基因估算腫瘤突變負荷,評估腫瘤是否有利免疫細胞攻擊,而這也是該公司的強項,更是此次獲選入TMB研究計畫的關鍵。
值得注意的是,要以基因檢測的方式,篩選出適合免疫細胞攻擊的腫瘤類型,必須透過極大量的數據資料,其困難度不言可喻。因此美國癌症研究之友組織,發起了整合性的大型國際TMB演算協調研究計畫,邀請美國癌症研究中心(NCI)、美國食品藥物管理局(FDA)、紀念斯隆—凱特琳癌症中心(MSKCC)、行動基因及其他知名基因檢測大廠及國際藥廠共擬一套有效的TMB國際參考標準,以確保癌症臨床治療的一致性。
行動基因崛起 攻精準治療
精準治療成顯學,行動基因後發先至。行動基因執行長陳華鍵表示,目前該公司是台灣唯一能從次世代基因定序做到資料分析與臨床治療與建議的專業團隊,搭上精準治療的大趨勢,有信心力拚在2018年賺錢。
行動基因成立於2014年7月,三位創辦人都曾在太景生技服務,其中,行動基因執行長陳華鍵、技術長陳淑貞都是太景創始之初就參與技術開發的科學家,而另外一位創辦人、營運長薛博仁更是太景的創始管理團隊成員之一。
陳華鍵表示,精準治療是生技產業未來關鍵,但目前大多公司僅能做到基因定序與資料管理,但精準治療最重要的環節是「基因資料解析」,並從解析的資料中得出結論,給予病患治療建議,或者給藥廠作為藥品開發的方向。近年,癌症成為人類十大(疾病)死因之首,陳華鍵表示,腫瘤形成多肇因於基因突變,行動基因的資料解析技術,一次能檢測400組基因,能夠大幅度的檢測致病基因,並分析、出具報告。陳華鍵說,行動基因在檢測有兩大領域業務,即醫院與藥廠,醫院部分是給予病人治療建議,藥廠則是分析新藥開發與臨床試驗的設計方向。他表示,目前已經有多家台灣醫院與該公司合作,透過基因解析報告,達到精準的治療效果。
不過,現在仍有許多癌症致病的基因,仍無藥可治,因此,許多藥廠也想針對這些疾病基因找到治療對策。陳華鍵說,藥廠開發藥品關鍵在臨床試驗,而行動基因可協助篩選病人、建立基因資料庫並解析,找到關鍵基因協助取得開發路徑,縮短臨床時程、降低開發成本。
近年美國食品藥物管理署(FDA)在若干重大疾病的藥品審核上日趨嚴格,但若申請藥證的的產品,是鎖定特定「生物標記」(Biomarker)來達到治療目的,則相對會較容易獲得核准。
公司簡介
行動基因生物科技股份有限公司(行動基因)成立於2014年, 是由一群腫瘤生物學、癌症基因體、生物資訊、臨床醫藥專家所共同創辦的癌症分子資訊公司,致力於提供先進的臨床癌症基因檢測以及臨床醫藥資訊分析報告,以改善癌症治療品質並實踐癌症個人化治療。
癌症個人化治療主要是依據癌症病患個人特有的基因突變特徵來選擇最合適的治療策略,以提高癌症治療效果。過去由於技術的限制,癌症個人化治療的臨床發展極為緩慢,直到近年次世代定序技術逐漸成熟後才出現新的曙光。
行動基因的核心團隊具多年癌症基因體研究、次世代定序技術、生物資訊分析及藥物開發的經驗,讓我們有能力利用微量的臨床檢體進行最先進的次世代定序以及多重 定量PCR 檢測,並透過整合性的生物資訊分析及臨床醫藥資料庫的比對,解析變異基因對病程發展與藥物反應的影響,為癌症病患、腫瘤醫師、學術研究單位和藥物研發公司 提供嶄新的臨床癌症基因檢測服務。行動基因將以領先的技術和優越的服務,突破過去的障礙,引領個人化癌症治療從基礎研究走向臨床應用。
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